En 2010, un cataclysme détruit les 2/3 de l'humanité. Le Japon se rétablit en constituant une zone spéciale protégée par sa technologie, et en exclut les plus pauvres. En 2035, deux opposants tentent d'échapper aux "Phantom", organisation chargée de supprimer toute résistance au régime. Ils s'enfuient avec une mystérieuse jeune fille au centre de nombreuses machinations...